桓武平氏・平貞盛の子孫で坂東平氏と称し、時方のとき伊豆介となって伊豆国北条郷（現静岡県伊豆の国市）に土着し、北条氏を名乗ったというが、詳細はわかっておらず、平氏ではなく、東国から北条の地に移り住んだ豪族とする説が有力である。その傍証として、伊豆の他の豪族と比べて地元に同族が少ないことが挙げられる。
時方の子北条時政は、娘北条政子が源頼朝の妻となったことから頼朝の挙兵に協力し、鎌倉幕府の創立に尽力し、頼朝が征夷大将軍に任じられると、有力御家人としての地位を得る。頼朝亡き後もその子源頼家・源実朝の外戚として幕府内で強い影響力を持ち、初代執権となった。2代将軍頼家を追放し、修善寺に幽閉した上で謀殺した。さらに、3代将軍実朝をも暗殺して娘婿の平賀朝雅を将軍に立てようとしたが、娘の政子や息子の義時に反対され出家させられた。
2代執権義時から数代にわたって他の有力御家人を次々と排除し、執権政治を確立した。実朝が暗殺されると、義時は京都から九条頼経を4代将軍に迎え（摂家将軍）、将軍の地位を名目的なものとし、後鳥羽上皇の討幕運動である承久の乱に勝利し、幕府を安定させることに成功した。3代執権北条泰時は御成敗式目を制定し、幕府の御家人支配をゆるぎないものにした。
北条氏は、得宗と呼ばれる嫡流を中心に名越、赤橋、常葉、塩田、金沢、大仏などの諸家に分かれ、一門で執権、連署、六波羅探題などの要職を独占し、評定衆や諸国の守護の多くも北条一族から送り出した。得宗家の家臣は御内人と呼ばれ、しばしば得宗の代官として得宗家の所領や守護所などに派遣されている。また、得宗家の家政を取り仕切る最高責任者は内管領と呼ばれ、長崎円喜のように権力を振るうものも現れた。
摂家将軍頼経、頼嗣は成長すると独自の政権運営を指向し、執権に反抗的な態度を取る。5代執権北条時頼は5代将軍頼嗣を追放し、宗尊親王を6代将軍に迎える事でこの危機を乗り切った（皇族将軍）。
8代執権北条時宗は元からの国書を黙殺して、御家人を統率して元寇と戦う。これを機に鎌倉幕府は非御家人への軍事指揮権も獲得したほか、西国での支配権が強化され、北条一門が鎮西探題、長門探題として派遣された。また、北条一門の諸国守護職の独占も進む。時宗の息子・9代執権北条貞時は平禅門の乱で内管領の平頼綱を滅ぼして得宗専制を確立する。これらにより、御家人層の没落が進行し、没落した御家人の中には御内人になる者もあらわれる。
貞時の子・14代執権北条高時は後醍醐天皇の挙兵計画である正中の変を未然に防ぐが、後醍醐が2度目の計画である元弘の変に続いて1333年（元弘3年/正慶2年）に再度挙兵すると、御家人筆頭の足利高氏（尊氏）がこれに呼応して京都の六波羅探題を滅ぼし、上野国の新田義貞も挙兵し、高氏の嫡子千寿王（足利義詮）が合流すると関東の御家人が雪崩を打って倒幕軍に寝返り、鎌倉を陥落させる。この結果、北条一族のほとんどが討死または自害し、北条氏は滅亡する。
鎌倉幕府滅亡後に建武の新政が開始された後も、北条氏の残党は津軽や日向国、伊予国など各地で散発的に反乱を起こした。1335年（建武2年）に京都に潜伏していた高時の弟北条泰家（時興）が公家の西園寺公宗と政権転覆を計画するが未然に発覚する。公宗は後醍醐暗殺に失敗し誅殺されたが、泰家は逃亡して各地の北条残党に挙兵を呼びかける。北条氏の拠点のひとつであった信濃国で高時の子時行らが挙兵し、中先代の乱を起こす。時行軍は信濃守護小笠原貞宗を破り、鎌倉を占領する。鎌倉にいた尊氏の弟足利直義は、幽閉されていた護良親王を時行に担がれる事を恐れて殺害する。足利尊氏は後醍醐天皇の勅状を得ないまま乱の討伐に向かい、時行を駆逐してそのまま鎌倉へ留まり建武政権から離反する。
その後、時行は南朝から朝敵免除を受け、観応の擾乱の際に武蔵国で再度挙兵するが、尊氏に敗れて捕らえられ斬られた。
その子孫は横井氏を称し、南朝方について戦ったと言われているが、詳細ははっきりしない。横井氏の子孫からは、幕末の熊本藩士で越前藩松平家に派遣され活躍した横井小楠が出る。